Les deux sujets sont intéressants, mais faute de temps, je ne répondrai ici que sur le premier.
Kira, on peut dire que le principe de Lavoisier (rien ne se créé, rien ne se perd, tout se transforme) sur le quel tu te bases largement est globalement correct. Il y a cependant quelques petites erreurs.
Quand tu parles des atomes qui se créeraient tous seuls ou seraient les mêmes depuis le "début", et bien c'est un peu différent. On a constaté que chaque atome possède une demi-vie et termine par se scinder en deux nouveaux atomes. De même manière, certaines conditions permettent à des particules de former des atomes. (une étoile produit au cours de sa vir tous les éléments du tableau périodique jusqu'au fer, et une supernova, explosion comprise, va produire jusqu'à l'uranium) Ce fait a été observé à maintes reprises.
Ensuite, le corps humain, comme beaucoup d'autres choses, est formé par des attractions, certes, mais également des répulsions. Si les membranes de nos cellules ne cherchaient pas constamment à repousser l'eau, nous ne serions qu'une flaque de matière organique.
Quand on meurt, l'énergie est répartie sous plusieurs formes, comme la chaleur, la multiplication bactérienne. Tout comme les atomes, elle est entièrement recyclée. En fait, on pense qu'il y a un nombre limité de particules dans l'univers (Je rappelle qu'une particule est un élément indivisible, comme les neutrons, le protons ou les électrons, donc atomes et molécules ne sont pas des particules), ainsi qu'une quantité d'énergie limité. Il n'y a jamais de perte ou de gain d'énergie, elle est juste transmise à autre chose ou change de forme.
Par contre, la partie sur les esprits m'intrigue un peu. Le fait étant qu'on ne crée pas un esprit. Qu'est-ce qu'un esprit? Ce sont les facultés de raisonnement et de mémorisation d'un être vivant. Nos pensées et nos souvenirs. Au final, il ne s'agit que d'un mouvement énergétique au sein de notre cerveau. Il n'y a pas de mental à recycler lors de la mort, pas d'âme à sauver ou quoique ce soit. Tout ce que nous pouvons assimiler à ça n'est qu'impulsion électrique et chimique entre quelques cellules dont les atomes et l'énergie repartiront dans divers cycles.
Mais la question qui m'intéresse dans tout ce que tu as avancé est celle de la création de l'univers. Là, on rencontre plusieurs écoles. Certains pensent qu'à un moment donné, il y a forcément eu intervention d'une divinité ou entité similaire expliquant la venue de nulle part de notre univers. D'autres, comme moi, pensent bien différemment. Déjà, cette fameuse entité, cette divinité, d'où sortirait-elle? Elle a bien dû, elle aussi, être créée à un moment ou à un autre. A partir de là, il y a plusieurs explications possibles, dues au fait que nous connaissons assez mal la quatrième dimension de notre univers: le temps. (ceux qui pensaient que le monde était en trois dimensions, et bien oubliez ça. Il y en a au moins quatre, et peut-être, voire surement plus)
L'humanité, ou une autre race civilisée de l'univers a pu finir par maitriser une technologie dont nous ne pouvons à l'heure actuelle que rêver, est revenue dans le passer et a créé l'univers. Là encore, il y a des incohérences. En effet, pour créer l'univers, il faudrait qu'ils aient utilisé l'intégralité des particules et de l'énergie de l'univers, mettant donc fin à celui de leur époque et se suicidant. Peu crédible, donc.
D'autres partent sur une théorie plus naturelle à base de cycles. On rencontre un nombre incroyable de cycles dans la nature, que ce soit à l'échelle microscopique ou stellaire, alors pourquoi pas un cycle universel? L'univers aurait une durée dans le temps, et à sa mort arriverait certaines réactions en créant un nouveau en recyclant l'ancien. L'univers ayant tendance à s'étendre, encore une fois, c'est peu probable.
Il y a aussi la pirouette temporelle, qui ferait que notre univers subisse une sorte de "reset" de temps à autres, repartant du tout début. Ne connaissant pas encore toutes les propriétés du temps ni même de l'espace, ce n'est pas forcément impossible, et ça espliquerait la création première. L'univers s'est créé de lui-même par paradoxe temporel. Peu probable, mais pas nécessairement impossible.
Une dernière théorie (ou du moins, la dernière que je relaterai ici, car en cherchant un peu, on peu en trouver d'autres, mais pas forcément très logiques) est qu'il y a plusieurs univers. La formation du notre serait la résultante de la collision de deux de ces univers. Hypothèse la plus logique quant à la création de notre bout d'espace, elle n'explique pas comment aurait été créés les autres univers, les tous premiers.
Si tant est qu'il y ait eu des premiers. Car oui, on se demande comment tout a été créé, mais rien ne prouve qu'il y ait eu une telle création, peut-être tout a-t-il toujours été là? Ce n'est encore une fois pas impossible. Certaines propriétés de choses que l'on trouve sur notre monde défient la physique classique et la logique elle-même (ainsi fut créée la physique quantique), alors au-delà des limites de notre univers, à quoi pourrait-on bien devoir s'attendre?